Byhistorie
Etablering og middelalderbyen
Højer nævnes første gang i Valdemar 2. Sejrs jordebog fra 1231 som en landsby kaldet Høthær. Den var krongods frem til 1313, hvor den overgik til hertugdømmet.
Flækken 1536-1850
I 1500-tallet begyndte en vis håndværksmæssig specialisering med bl.a. smed, snedker og skomager, og i 1600-tallet, da købstaden Tønder helt mistede kontakten til havet, udviklede Højer sig yderligere som en vigtig havn ved Vidåens munding. Ad søvejen fik Højer omfattende handelsforbindelser til Holland, England og de nordtyske havne, hvortil der blev solgt kvæg og korn, og hvorfra kolonialvarer kom retur. Dertil kom et omfattende fiskeri af østers, der i Højer blev pakket i tønder og sendt til Flensborg som såkaldte Flensborgøsters. Højers ret til at drive handel og håndværk blev længe anfægtet af borgerne i Tønder, men konflikten resulterede i 1736 i tildelingen af flækkeprivilegier. Med gravningen af en kanal gennem Vadehavet i 1799 og anlæggelsen af en ny losse- og ladeplads i 1843 ville man forbedre sejladsens muligheder, men på grund af tilsanding og handelsnedgang siden 1700-tallets slutning gav det ikke det ønskede resultat.
Industrialisering og byvækst
Efter krigen i 1864 stadfæstede preussisk kommunallovgivning i 1867 Højers flækkeprivilegier. Som transportknudepunkt var Højer nu et stop på vejen for badegæster, gods og post, der ved højvande blev sejlet med dampskib fra Højer gennem Vadehavet til øen Sild. Det gav i en periode grundlag for flere hoteller i byen, ligesom transporten førte til anlæggelsen af jernbanen fra Tønder til Højer Sluse i 1892.
Industribyen 1900-1970
Dampskibsruten til Sild fortsatte indtil 1927, hvor Hindenburgdæmningen blev bygget. Samtidig var Højer med Genforeningen i 1920 blevet dansk, men byen havde fortsat en stor tysk befolkning og tysk borgmester frem til 1946. Frem til 1944 var otte grænsegendarmer stationeret i byen, og i de første år efter Anden Verdenskrig var Højer hjemsted for en militærgarnison med ansvar for grænsekommandoen. Den erhvervsmæssige udvikling i perioden blev især påvirket af den lokale Højer Tæppefabrik – oprindeligt et uldspinderi – der fra 1920’erne ekspanderede og i midten af 1960’erne havde omkring 200 ansatte. Det gav fremgang i befolkningstallet, og omkring halvdelen af Højers indbyggere var bl.a. derfor i 1960 beskæftiget inden for håndværk og industri.
Efter industrien 1970 til i dag
Kommunalreformen i 1970 skabte en ny og større Højer Kommune, der dog med knap 3000 indbyggere frem til 2007 var Sønderjyllands mindste. Erhvervsmæssigt kom administrations- og servicefagene efter 1970 i fremgang bl.a. som følge af turisme. Derudover har det lokale Højer Pølser, som blev grundlagt i 1897, efter årtusindeskiftet sat Højer på landkortet pga. en specialiseret fremstilling af sønderjyske spegepølser af de råvarer, som er til rådighed i den omkringliggende marskegn.